Zakład Badań nad Muzyką Dawną
Kierownik - dr hab. Jakub Kubieniec, prof. UJ
Pracownicy: dr Marek Bebak, prof. dr hab. Zofia Fabiańska, dr Maciej Jochymczyk, dr hab. Jakub Kubieniec, prof. UJ, dr hab. Aleksandra Patalas, prof. UJ, dr hab. Piotr Wilk, prof. UJ
Zakład Badań nad Muzyką od XIX do XXI wieku
Kierownik – prof. dr hab. Magdalena Dziadek
Pracownicy: dr hab. Rafał Ciesielski, prof. UJ, prof. dr hab. Magdalena Dziadek, dr Gabriela Gacek, dr Dagmara Łopatowska-Romsvik, dr Andrzej Sitarz
Pracownia Badań nad Multimedialnością Muzyki
Kierownik - dr Wojciech Marchwica, prof. UJ
Pracownicy: dr Wojciech Marchwica, prof. UJ, dr hab. Anna G. Piotrowska, prof. UJ
Pracownia Badań nad Zabytkami Muzycznymi
Kierownik – prof. dr hab. Renata Suchowiejko
Pracownicy: dr Sylwia Jakubczyk-Ślęczka, prof. dr hab. Renata Suchowiejko
Ośrodek Dokumentacji Muzyki Polskiej XIX i XX wieku im. I.J. Paderewskiego
Kierownik – dr Justyna Kica
Pracownicy: dr Michał Jaczyński, dr Justyna Kica
Biblioteka i Fonoteka IM UJ
Kierownik – kustosz dypl. mgr Stanisław Hrabia
Pracownicy: kustosz dypl. mgr Stanisław Hrabia, mgr Ewa Kołacka, mgr Michał Momot, mgr Anna Salamon